Mahkeme ile ilgili tebligat işlerinin doğrudan doğruya mahkeme tarafından yapılması kabul edilerek adaletin işleyişi hızlandırılmıştır (m. 36)

1412 sayılı Kanunda tebligat işlerinin Cumhuriyet savcılığı tarafından yapılacağı hükme bağlanmışken, Ceza Muhakemesi Kanununda mahkeme başkanı veya hâkimin, her türlü tebligatı, tüm gerçek veya özel hukuk tüzel kişileri veya kamu kurum ve kuruluşları ile ilgili yazışmaları doğrudan doğruya yapacağı hükme bağlanmıştır.

Ceza Muhakemesi Kanununda, ceza hukuku anlamında herhangi bir suç ve cezaya yer verilmesi uygun bulunmadığından para cezası öngören hükümler kaldırılmış, yalnızca disiplin hapsine ilişkin düzenlemelere yer verilmiştir (m. 60/1, 203/3)

Hâkimin, yasaklılığını gerektiren sebeplere dayanarak çekinmesi halinde mercice bir başka hâkim veya mahkemenin davaya bakmakla görevlendirilmesi , bu sebebin yerinde olup olmadığının merci tarafından ayrıca incelenmemesi öngörülmüştür (m. 30).

Şüpheli veya sanığın beden muayenesi ve vücudundan örnek alınması, diğer kişilerin beden muayenesi, kadının muayenesi, moleküler genetik incelemeler ve fizik kimliğin tespitine dair yeni düzenlemeler yapılmıştır (md. 75 ilâ 82)

Arama ve elkoyma işlemlerinin hâkim kararı üzerine veya gecikmesinde sakınca bulunan hâllerde Cumhuriyet savcısının yazılı emri ile kolluk tarafından yapılabileceği kabul edilmiş, kolluk amiri veya görevlilerine bu konuda doğrudan herhangi bir yetki verilmemiştir (m. 119/1, 127/3) Hakimden karar veya C. savcısının yazılı emrini almadan evde yapılan adli arama yapılamaz. Hakim kararı almadan evde adli arama ve el koyma yapılamaz. Hakimden karar almaya vakit yoksa C. Savcısının yazılı emri istenir.

Mülga CMUK Kolluk memurunun amirine de başvurumaya vakti bulunmadığı durumlarda konutta kendiliğinden arama yetkisini, kolluğa veriyordu (CMUK 97). Bu yetki yeni CMK’da sürdürülmemiştir. 2005.5353 numaralı Kanun ile yapılan değişiklikle, kolluk amirinin acele hallerde "konut dışı” aramalar için”, yazılı emir verme yetkisi kabul edildi (CMK "2005.5353” 119/1), (PVSK 2/VIII).

Bu düzenlemenin, toplumun suça karşı korunması ihtiyacını karşılamaktan uzak olduğu açıktır. Zira ani gelişen olaylarda, sokaktaki kolluk memurunun amirine başvuramayacağı hallerde, arama yetkisi verilmiş değildir.

Belli suçlar açısından, bir suç olgusuna ilişkin bilgileri içeren belgelerin devlet sırrı olarak, mahkemeye karşı gizli tutulamayacağı öngörülmüştür (m. 125)

Belli hâllerde Cumhuriyet savcısına kamu davasını açmada takdir yetkisi getirilmiştir

Cezanın ortadan kaldırılmasını gerektiren şahsî sebep olarak etkin pişmanlık hükümlerinin uygulanmasını gerektiren koşulların ya da şahsî cezasızlık sebebinin varlığı halinde Cumhuriyet savcısı kamu davasını açmayabilecektir (m.171).

Cumhuriyet savcısının kamu davasının açılmaması hususunda takdir yetkisini kullandığı hâllerde bu yöndeki karara karşı, kovuşturmaya yer olmadığına dair kararlara karşı başvurulabilen itiraz yoluna da gidilemeyecektir (m.173/5).

Kovuşturmaya yer olmadığına dair karara itirazla ilgili yeni esas ve usullere yer verilmiştir (m. 173/6)

Kovuşturmaya yer olmadığına dair karara itirazın reddedilmesi halinde; Cumhuriyet savcısının, yeni delil varlığı nedeniyle kamu davasını açabilmesi, itiraz dilekçesi hakkında karar vermiş olan ağır ceza mahkemesi başkanının bu hususta karar vermesine bağlanmıştır.

Hükmün gerekçesi ve hüküm fıkrasının içereceği hususlar ayrıntılı olarak düzenlenmiştir (m. 232)

Suçun mağduru ile şikâyetçiye, vekili yoksa baro tarafından kendisine avukat atanmasını isteme gibi yeni haklar tanınmıştır (m. 234).

Kaçaklar dışındaki kişiler bakımından gıyabî tutuklama müessesesi kaldırılmıştır.

Yeni Ceza Muhakemesi Kanununda "davetiye” yerine "çağrı kâğıdı”, "ihzar müzekkeresi” yerine "zorla getirme kararı”, "yakalama müzekkeresi” yerine "yakalama emri”, "duruşmadan vareste tutulma” yerine "duruşmadan bağışık tutulma” ibareleri kullanılmıştır.

Denetimli serbestlik ve yardım merkezleri ile koruma kurulları oluşturulacağı hükme bağlanmıştır (m. 104).

Kanunla, daha önce mevzuatımızda olmayan bir kurum düzenlenmiş ve cezaları ertelenen, salıverilen veya haklarında hapis cezası dışında herhangi bir tedbire hükmedilen hükümlünün toplum içinde izlenmesi, iyileştirilmesi, psiko-sosyal problemlerinin çözülmesi, salıverilme sonrası korunması ve yargılanan sosyal araştırma raporlarının düzenlenmesi ve mağdurun korunması gibi görevleri yerine getirmek üzere denetimli serbestlik ve yardım merkezleri, salıverilme sonrasında hükümlülere iş sağlanması için koruma kurulları kurulması ve bu kurulların kuruluşu, çalışma yöntem ve esaslarının çıkarılacak bir kanunla tespit edilmesi hükme bağlanmıştır.

Adlî para cezasının infaz şekli düzenlenmiştir (m. 106).

Yeni Türk Ceza Kanununda "adlî para cezası” ibaresi kabul edilmesi nedeniyle Kanunun 106. maddesiyle, mevzuatımızda para cezalarının infazında uygulanmakta olan hükümler yönünden önemli bazı değişiklikler yapılmıştır
5237 sayılı Türk Ceza Kanununun 52. maddesinde belirtilen usule göre tayin olunacak bir miktar paranın Devlet hazinesine ödenmesi suretiyle adlî para cezası infaz edilecektir.

Adlî para cezası yerine çevrilen hapsin süresi hiçbir şekilde üç yılı geçemeyeceği gibi birden fazla hükümle adlî para cezalarına mahkûmiyet durumunda da bu süre beş yılı geçemeyecektir. Bunun dışında hükümlünün hapis yattığı günlerin dışındaki günlere karşılık gelen parayı ödemesi durumunda cezaevinden çıkartılacaktır.
5237 sayılı Türk Ceza Kanununun 50. maddesinin birinci fıkrasının (a) bendi hükmü saklı kalmak kaydıyla, adlî para cezasından çevrilen hapsin infazının ertelenemeyeceği ve bunun infazında koşullu salıverilmeden yararlandırılmayacağı hükme bağlanmıştır.

Koşullu salıverilmeye ilişkin usul ve esaslar yeniden düzenlenmiştir (m. 107).

Mahkûmlar aşağıda belirtilen süreleri iyi hâlli olarak ceza infaz kurumlarında geçirdikleri takdirde koşullu salıverilmeden faydalanacaklardır.

a. Ağırlaştırılmış Müebbet Hapsin 30 yılını,
b. Müebbet Hapsin 24 yılını,
c. Süreli Hapis cezalarının 2/3’ünü çektikleri takdirde tahliye edilirler.

Ancak bu süreler;

1) Birden fazla ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasına mahkûmiyet hâlinde otuzaltı,
2) Ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası ile birlikte müebbet hapis cezasına mahkûmiyette otuzaltı,
3) Ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası ile birlikte süreli hapis cezasına mahkûmiyette en fazla otuzaltı,
4) Birden fazla müebbet hapis cezasına mahkûmiyette otuz,
5) Müebbet hapis cezası ile birlikte süreli hapis cezasına mahkûmiyette en fazla otuz,
6) Birden fazla süreli hapis cezasına mahkûmiyet hâlinde en fazla yirmisekiz